Los combates tienen lugar en pequeños escenarios con vista lateral. El objetivo es derrotar al Digimon rival o reunir suficiente energía espiritual para llenar el medidor de batalla.

El jugador puede moverse, saltar, atacar, defenderse y utilizar técnicas propias de cada personaje. El modo para un jugador enfrenta al jugador con varios rivales consecutivos, mientras que el modo versus permite competir a dos personas. Los escenarios compactos y las rondas cortas dan más importancia a la posición y al momento de atacar que a los combos largos.

Mantente cerca del centro del escenario para que un ataque fallido no te deje atrapado en un extremo. Usa ataques cortos para interrumpir al rival y recurre a una técnica más fuerte cuando deje una abertura.

Vigila el medidor espiritual además de las barras de vida. Los objetos espirituales pueden decidir un combate igualado, así que recogerlos puede ser más importante que seguir buscando daño.