La vista lateral acompaña al jugador por niveles independientes llenos de enemigos, trampas y plataformas. El objetivo es llegar a la sala del jefe tras superar pozos, escaleras, plataformas móviles y obstáculos ambientales.

Al derrotar a un jefe se obtiene un arma especial. X puede cargar su buster y usar mejoras, mientras Zero se centra en los ataques cercanos con su sable. El progreso depende de elegir niveles, descubrir las debilidades de los jefes y completar el escenario principal.

Aprende el ciclo de debilidades de los jefes en lugar de depender solamente del disparo cargado. Explora los caminos secundarios para encontrar mejoras, energía y sub-tanks.

Usa el deslizamiento por las paredes y el dash para controlar los aterrizajes. Con Zero, utiliza el sable cuando los movimientos enemigos sean previsibles y reserva los sub-tanks para las zonas difíciles.