La aventura se desarrolla con perspectiva lateral en las cavernas subterráneas conectadas de SR388. Samus explora las zonas, localiza Metroids, derrota sus distintas formas evolutivas y reduce la población restante.

Puede correr, saltar, disparar, convertirse en esfera y usar rayos, misiles, bombas y trajes especiales. Hay una única campaña para un jugador. Las nuevas habilidades abren rutas bloqueadas, mientras que las estaciones de guardado y la energía sostienen el avance por áreas cada vez más peligrosas.

Explora cada zona de forma sistemática y recuerda los caminos bloqueados por habilidades que aún no tienes.

Reserva los misiles para los combates contra Metroids, observa sus movimientos y mantén la distancia. Usa las estaciones cercanas para recuperar energía y munición antes de entrar en una zona nueva.