La partida utiliza una perspectiva cenital y combates por turnos. El jugador explora ciudades, rutas, cuevas y otras zonas, captura Pokémon, entrena un equipo, reúne objetos y combate contra líderes de gimnasio, rivales y otros entrenadores.

La mayoría de los gimnasios puede afrontarse en distintos órdenes y el nivel de los rivales se adapta al progreso. Es posible viajar entre Johto y Kanto, comenzar en varios lugares y seguir explorando después de cumplir los objetivos principales. Los combates emplean cuatro movimientos, ventajas de tipo, estados alterados, evoluciones y gestión del equipo.

Forma un equipo con tipos variados y mantén varios Pokémon al nivel adecuado para el siguiente combate importante. Como el progreso es flexible, aprovecha las ventajas de tipo en lugar de depender solo de subir de nivel.

Explora a fondo para encontrar objetos ocultos, MT útiles y encuentros opcionales. Lleva objetos curativos y elige con cuidado qué Pokémon aprenderán movimientos de campo.