La aventura se desarrolla en escenarios con perspectiva cenital. El jugador visita clubes de cartas, laboratorios y otros lugares, habla con los personajes y derrota a distintos duelistas para conseguir sobres, cartas y nuevos desafíos.

En los duelos se asignan Energías, se usan cartas de Entrenador, evolucionan Pokémon y se realizan ataques por turnos. La victoria se consigue al derrotar a los Pokémon rivales o cuando el oponente ya no puede tomar la cantidad de cartas de Premio requerida. Las nuevas cartas y las victorias permiten mejorar los mazos.

Centra cada mazo en uno o dos tipos de Energía compatibles. Incluye suficientes Pokémon Básicos para comenzar las partidas con regularidad y elimina las cartas débiles o redundantes.

Comprueba el coste de Energía de los ataques y el coste de Retirada antes de actuar. Guarda las cartas de Entrenador decisivas para los turnos importantes y ajusta el mazo después de cada desafío de club.