El juego presenta una perspectiva lateral. Hay que recorrer las fases, derrotar virus y otros enemigos, evitar peligros y alcanzar el objetivo.

La progresión sigue una secuencia lineal de fases, con combates contra jefes y acontecimientos de la historia. El sistema de combate por cuadrícula de la serie principal se sustituye por una acción de plataformas convencional.

Observa los movimientos enemigos antes de avanzar, sobre todo en zonas estrechas. En una pantalla nueva, localiza primero las trampas y los obstáculos.

Contra los jefes, espera a reconocer sus patrones de ataque antes de contraatacar.