La acción se muestra desde una perspectiva lateral con desplazamiento. Hay que guiar a la Tortuga elegida por fases lineales, derrotar a los soldados del Clan del Pie, evitar peligros y llegar al jefe al final de cada fase.

El jugador se mueve, salta y ataca con el arma de su personaje. Las cuatro Tortugas presentan pequeñas diferencias de alcance y manejo, pero no cuentan con experiencia ni desarrollo de equipo. La progresión consiste en superar las fases en orden.

Aprende el ritmo de ataque de cada Tortuga antes de entrar en grupos de enemigos. Usa los saltos para controlar tu posición y mantén la distancia con los jefes cuando el escenario lo permita.

Elige a Donatello cuando necesites alcance, y a Raphael o Michelangelo para los combates cercanos. Evita recibir golpes innecesarios de los enemigos normales para conservar salud durante los enfrentamientos contra jefes.