La acción se muestra principalmente desde una perspectiva lateral. El jugador guía a los miembros de Mystery Inc. por fases temáticas, busca pistas y objetos útiles, supera obstáculos y evita o enfrenta a los enemigos para avanzar en la investigación.

La recopilación contiene dos campañas independientes, una basada en Scooby-Doo y otra en Scooby-Doo 2: Monsters Unleashed. El progreso depende de completar los objetivos de cada fase, reunir objetos de investigación y llegar a nuevas zonas. Las mecánicas y la estructura de los niveles varían entre ambos juegos.

Explora cada zona con cuidado antes de continuar. Las pistas y los objetos pueden pasar desapercibidos, y los caminos secundarios a veces revelan la ruta correcta.

Evita los contactos innecesarios con enemigos y peligros. Observa el ritmo de los obstáculos móviles y revisa sistemáticamente las habitaciones y plataformas cercanas cuando aparezca un objetivo de investigación.