La partida transcurre en un paisaje bidimensional que se puede excavar y remodelar. El jugador controla directamente a los Clonks, recorre el terreno, reúne materiales, construye edificios y utiliza herramientas o armas.

El progreso depende de los objetivos de cada misión o partida. Los nuevos equipos y edificios amplían las acciones disponibles, mientras que los peligros, los recursos limitados y los Clonks enemigos generan la presión táctica.

Observa el terreno antes de gastar recursos y conserva los materiales esenciales cerca de las estructuras que los necesitan. Prepara una ruta segura antes de enviar varios Clonks a una zona peligrosa.

Cuando el escenario lo permita, reparte las funciones de construcción, exploración y combate. En partidas competitivas, protege las zonas de producción y bloquea el acceso del rival a los recursos importantes.