El jugador recorre mapas en vista cenital, explora pueblos y mazmorras y avanza la historia mediante eventos y objetivos. El combate usa un sistema por turnos con órdenes como atacar, usar habilidades, emplear objetos y defenderse. Los Digimon pueden digievolucionar al cumplir ciertas condiciones, lo que modifica sus atributos y movimientos. La progresión depende sobre todo de la trama, con zonas nuevas que se abren tras completar metas o derrotar jefes.

Prioriza el nivel de tus Digimon principales y cumple sus requisitos de digievolución. Antes de entrar en mazmorras largas, lleva suficientes objetos curativos. En los combates difíciles, usa defensa y recuperación para ganar tiempo hasta una digievolución favorable o un ataque decisivo.