El juego alterna entre una vista estratégica superior y combates tácticos isométricos por turnos. El jugador contrata mercenarios, les asigna equipo, viaja entre sectores y administra salud, fatiga, munición y moral.

Los puntos de acción permiten moverse, disparar, cambiar de postura, recargar, lanzar objetos e interactuar con elementos. La campaña sigue una serie estructurada de operaciones en lugar del modelo de conquista territorial amplia de Jagged Alliance 2. Los mercenarios ganan experiencia y mejoran sus atributos y habilidades.

Reserva puntos de acción para reaccionar en vez de gastarlos todos al moverte. Usa cobertura, la postura agachada, la oscuridad y las ráfagas controladas para reducir el daño recibido.

Repara las armas, lleva la munición adecuada y sustituye a los mercenarios cansados. Guarda los explosivos para grupos de enemigos o posiciones fortificadas, y registra bien los sectores antes de avanzar.