Los jugadores atraviesan ciudades, campos, cuevas y fases laterales hasta llegar al jefe de cada región. Goemon ataca con su pipa, salta, recoge dinero y consigue mejoras. Ebisumaru utiliza su propia arma y puede ser controlado por el segundo jugador.

La exploración se alterna con fases de acción más lineales. Las ciudades incluyen tiendas, minijuegos, información y acontecimientos de la historia. El progreso consiste en superar regiones, encontrar objetos útiles y derrotar a sus jefes.

Explora las ciudades antes de continuar, ya que las tiendas y los minijuegos pueden ofrecer vidas, dinero, curación y equipo. Revisa los caminos secundarios y los objetos sospechosos.

Mantente en movimiento frente a grupos de enemigos y ataca desde una distancia segura cuando sea posible. Guarda las armas potentes para los jefes, estudia sus patrones y contraataca en el momento adecuado.