Lan explora lugares del mundo real y MegaMan recorre las redes desde una perspectiva cenital. Los objetivos incluyen hablar con personajes, resolver incidentes de red, encontrar objetos importantes y derrotar virus y jefes.

En combate, MegaMan se mueve, dispara con el MegaBuster y utiliza los Battle Chips seleccionados. La pantalla Custom permite escoger chips para la siguiente acción. La progresión se basa en conseguir nuevos chips, programas NaviCust, más HP, armadura y recompensas de la historia.

Construye carpetas con chips de códigos compatibles e incluye opciones de curación y defensa. En la pantalla Custom, prepara combinaciones en lugar de gastar todos los chips poderosos de inmediato.

Muévete constantemente y aprende los patrones enemigos. Mejora el MegaBuster y el NaviCust con cuidado, ya que colocar mal los programas puede provocar errores. Guarda antes de las misiones importantes.