El jugador guía a Lan por ciudades, instalaciones y redes con una perspectiva cenital. En el ciberespacio, MegaMan.EXE se mueve, examina objetos, habla con personajes, resuelve puzles y lucha contra virus en una cuadrícula de seis por tres casillas.

Al comenzar cada combate, la pantalla Custom ofrece una selección limitada de BattleChips. Estos chips sirven para atacar, recuperar energía, apoyar o activar transformaciones. El MegaBuster permanece disponible entre selecciones. La progresión proporciona nuevos chips, programas NaviCust y Style Changes, además de zonas secretas, encargos y desafíos opcionales.

Crea una carpeta centrada en chips con códigos compatibles para encadenar varias acciones desde una misma pantalla Custom.

Aprende los patrones enemigos y mantente en movimiento. Controla el espacio con chips como AreaGrab, reserva los ataques potentes para las aperturas y respeta las reglas de colocación del NaviCust. Regresa a las redes antiguas después de los acontecimientos importantes para encontrar chips más fuertes y jefes secretos.