El jugador explora ciudades, zonas del torneo y el mundo cibernético desde una perspectiva en tercera persona. MegaMan.EXE combate en una cuadrícula de seis por tres casillas, esquiva ataques y utiliza Battle Chips seleccionados de una carpeta personalizada.

Las victorias proporcionan dinero, chips y nuevas opciones. La campaña sigue el N1 Grand Prix e incluye tiendas, combates opcionales contra virus, eventos de historia y transformaciones Double Soul obtenidas con aliados compatibles.

Construye una carpeta alrededor de unos pocos códigos de chip compatibles para que los ataques útiles aparezcan juntos en la pantalla Custom. Conserva chips defensivos y aprende a esquivar mediante el movimiento.

Vuelve a visitar las zonas anteriores después de los eventos de la historia. Reunir chips y aprender los patrones enemigos facilita las Double Soul y las rondas finales.