El jugador guía a Lan por ciudades, escuelas, casas y otros lugares, y después conecta a MegaMan.EXE con los ordenadores. En el ciberespacio, MegaMan recorre zonas laberínticas, supera obstáculos sencillos, recoge objetos y lucha contra virus y jefes.

Los combates se desarrollan sobre una cuadrícula. MegaMan se mueve por su mitad del campo, dispara el MegaBuster y selecciona Battle Chips de la carpeta. Los chips sirven para atacar, curar, apoyar o producir otros efectos. Las victorias proporcionan Zenny y a veces nuevos chips; el avance de la historia abre zonas y enemigos más fuertes.

Construye la carpeta alrededor de varios códigos compatibles en vez de mezclar muchos ataques inconexos. Los chips con el mismo código pueden seleccionarse juntos y hacen más fiables los turnos.

Aprovecha el terreno y el movimiento para esquivar mientras se llena el medidor Custom. Reserva los chips más potentes para los jefes y conserva algunos de recuperación.