Se juega con una perspectiva lateral en niveles de plataformas bidimensionales. En cada aventura se pueden seleccionar varios escenarios de Robot Masters en un orden generalmente libre.

Mega Man corre, salta, sube escaleras, dispara y utiliza armas especiales obtenidas de los jefes derrotados. Cada arma tiene propiedades distintas y algunas aprovechan la debilidad de un jefe concreto. Después de terminar los tres remakes se abre Wily Tower, con combates adicionales y una selección de armas que conviene planificar.

Estudia los movimientos de cada jefe antes de gastar la munición de las armas especiales. El Mega Buster sigue siendo una opción fiable cuando un arma no resulta adecuada.

Busca los tanques de energía y elige un orden de escenarios que proporcione armas útiles pronto. En Wily Tower, prepara el equipo antes de entrar, ya que sus combates premian una selección cuidadosa de armas.