La acción se muestra desde una perspectiva lateral. X recorre ocho fases Maverick seleccionables, derrota enemigos, evita peligros, recoge objetos y llega al jefe. Cada jefe derrotado proporciona un arma especial eficaz contra otro jefe.

X puede correr, saltar, disparar, cargar los disparos y hacer dash. Los saltos por las paredes, la armadura, los Heart Tanks, los Sub Tanks y las cápsulas ocultas amplían sus capacidades. Los X-Hunters pueden aparecer en ciertas fases; derrotarlos y reunir las piezas de Zero influye en la historia. Tras las fases principales comienza una serie de niveles de fortaleza.

Aprende las debilidades de los jefes y no dependas solo del X-Buster. Un orden adecuado de fases permite conseguir armas útiles desde el principio.

Revisa paredes, techos y rutas alternativas para encontrar cápsulas de armadura, Heart Tanks, Sub Tanks y X-Hunters. Los disparos cargados, los dashes y los saltos por las paredes son esenciales para atacar y esquivar.

Para obtener el desenlace favorable relacionado con Zero, derrota a los tres X-Hunters y recupera las tres piezas de Zero antes de la secuencia final de la fortaleza.