Lan explora el mundo real desde una perspectiva superior y entra en el ciberespacio a través de distintos dispositivos. MegaMan.EXE se mueve por una cuadrícula de combate de tres filas y seis casillas, combate virus y resuelve mecanismos en áreas temáticas.

Los combates son en tiempo real. MegaMan puede moverse, disparar con el MegaBuster y usar Battle Chips de su carpeta. La pantalla Custom pausa brevemente la acción para elegir chips. Los programas NaviCust y las formas Cross amplían sus capacidades.

La historia avanza mediante investigaciones, exploración, combates contra jefes y misiones de liberación. Los nuevos chips, programas y formas permiten progresar, mientras que los enemigos opcionales ofrecen desafíos adicionales.

Construye una carpeta con códigos de chip compatibles para que las opciones útiles aparezcan con frecuencia en la pantalla Custom. Combina daño con recursos defensivos y de recuperación.

Aprende los patrones enemigos y usa el movimiento para esquivar. Regresa a las zonas anteriores después de los eventos importantes para encontrar datos ocultos, chips y mejoras.