Metal Mutant utiliza una perspectiva lateral en áreas conectadas con plataformas, enemigos, barreras y peligros. El objetivo es explorar el mundo, sobrevivir, encontrar el camino y utilizar la forma adecuada para derrotar o evitar los obstáculos.

El protagonista puede adoptar la forma de un robot humanoide, una forma de combate parecida a un dinosaurio y una forma ameboide. Cada una tiene ataques y movimientos distintos, por lo que avanzar depende de transformarse en el momento correcto. La estructura se centra en la exploración y en superar zonas, sin niveles de experiencia ni mejoras de equipo convencionales.

Aprende la función de cada forma antes de entrar en zonas desconocidas. La forma humanoide sirve para el movimiento y las interacciones generales, la de dinosaurio para el combate directo y la ameboide para situaciones que las otras formas no pueden resolver.

Observa a los enemigos, las trampas y las rutas posibles antes de transformarte. Elegir una forma incorrecta puede impedir superar una barrera o sobrevivir a un encuentro.