La acción se muestra desde una perspectiva lateral y se divide en sectores de la estación B.S.L. Samus explora habitaciones, derrota enemigos, supera obstáculos y recibe objetivos en las salas de navegación.

La progresión depende de conseguir habilidades y mejoras como misiles, bombas, la Morfosfera, nuevos trajes y mejoras de rayo. Estas herramientas permiten abrir caminos antes inaccesibles. Las salas de guardado, mapas, ascensores, jefes y peligros ambientales organizan la exploración.

Explora cada sector de forma metódica y consulta el mapa para localizar habitaciones sin visitar, pasadizos estrechos y callejones sin salida sospechosos. Guarda a menudo, sobre todo antes de zonas desconocidas y jefes.

Dispara a paredes y suelos cuando un camino termine de forma inesperada. Reserva los misiles para enemigos y jefes resistentes al rayo normal, y observa los movimientos de SA-X en vez de intentar enfrentarte a él demasiado pronto.