El jugador explora Zebes desde una perspectiva lateral bidimensional. Los objetivos principales son investigar las distintas regiones, derrotar a los guardianes, conseguir mejoras y destruir a Mother Brain. Samus puede correr, saltar, disparar, apuntar en diagonal, usar misiles y transformarse en Morfosfera.

La progresión depende de mejoras permanentes y de volver a recorrer zonas conocidas. Los tanques de energía, las expansiones de misiles, las estaciones de guardado y los atajos facilitan la exploración. La campaña principal también incluye contenido desbloqueable relacionado con el Metroid original de NES.

Después de obtener una habilidad nueva, regresa a los callejones sin salida y salas que antes eran inaccesibles. Los bloques ocultos, túneles para bombas y pasadizos estrechos suelen contener misiles o tanques de energía.

Reserva los misiles para enemigos y jefes resistentes al disparo normal. La Morfosfera, las Bombas, el Rayo de Hielo y el Traje climático cambian las rutas que pueden recorrerse con seguridad.

Aprende los patrones de ataque de los jefes en vez de intercambiar daño. Guarda con frecuencia y revisa el mapa antes de avanzar al siguiente objetivo principal.