Las escenas de historia se alternan con escenarios de combate mostrados desde distintas perspectivas. Los objetivos pueden consistir en derrotar a un Ángel, sobrevivir a un ataque, proteger un objetivo o completar una secuencia dentro de un límite de tiempo.

El jugador mueve al Eva, ataca a los enemigos, ajusta su posición y sigue las instrucciones del escenario. La progresión depende sobre todo de los capítulos y acontecimientos completados, no de un sistema de experiencia libre.

Comprueba el objetivo antes de atacar. Algunos enfrentamientos exigen sobrevivir, defender un objetivo o alcanzar una posición en lugar de limitarse a infligir daño.

Ignora a los enemigos innecesarios, mantente cerca del objetivo y aprende el ritmo de cada escenario.