El jugador explora pueblos, rutas y zonas subterráneas en vista cenital mientras avanza la historia mediante combates contra entrenadores, NPC y Pokémon salvajes. Las batallas usan el clásico sistema por turnos, donde importan la ventaja de tipo, la elección de movimientos y la composición del equipo. A medida que progresas, se desbloquean nuevas zonas, eventos y rivales más duros; algunos tramos ponen más énfasis en investigar y resolver puzles sencillos.

Forma un equipo equilibrado con buena cobertura de tipos para no sufrir por debilidades repetidas. En las secciones centradas en la historia, habla con todos los NPC y examina objetos o caminos sospechosos, ya que las pistas suelen marcar el avance. Para combates difíciles, lleva objetos de curación y procura que los niveles del equipo estén bastante compensados.