El juego usa la estructura clásica de RPG de Pokémon con vista cenital. El jugador se desplaza por ciudades, rutas, cuevas y gimnasios mientras captura Pokémon salvajes y forma un equipo. Los combates son por turnos y permiten usar ataques, objetos, cambiar de Pokémon o huir. Al ser una versión ampliada, suele añadir más Pokémon, combates de entrenador ajustados, nuevos mapas y sistemas de progreso ligados a medallas e historia.

Construye pronto un equipo equilibrado de seis Pokémon y prepara respuestas contra los tipos Agua, Roca, Tierra y Dragón. Como los hacks de fans pueden aumentar la dificultad, lleva siempre objetos curativos y remedios para estados alterados. Explora bien cada zona nueva antes de avanzar en la historia para no perder MT, objetos útiles o recompensas de NPC.