La exploración se muestra desde una perspectiva superior y los encuentros pasan a una pantalla de combate por turnos. El jugador elige un Pokémon inicial, recorre ciudades, rutas, cuevas y edificios, y reúne ocho medallas de gimnasio.

Los Pokémon salvajes pueden debilitarse y capturarse. Obtienen experiencia, aprenden movimientos y evolucionan mediante los combates. Hay que elegir movimientos, aprovechar las ventajas de tipo, controlar estados, usar objetos y cambiar de Pokémon. Tras conseguir las medallas, el jugador desafía al Alto Mando y al Campeón. Las Islas Sete y otros eventos se desbloquean durante o después de la historia principal.

Forma un equipo equilibrado con varios tipos en lugar de depender de un solo Pokémon muy entrenado. Conviene tener respuestas contra ataques de tipo Agua, Eléctrico, Tierra y Psíquico.

Lleva objetos curativos y remedios contra estados antes de entrar en cuevas largas o gimnasios. Los movimientos MO ayudan a explorar, pero ocupan espacios permanentes, así que asígnalos con cuidado.

Entrena a todo el equipo antes del Alto Mando, guarda la partida antes de combates importantes y usa objetos o estados alterados cuando el daño directo no sea suficiente.