La exploración se desarrolla desde una perspectiva cenital. El jugador atraviesa ciudades, rutas, cuevas y edificios, habla con personajes, recoge objetos y avanza por una versión revisada de la historia de Johto.

Los combates son por turnos. Los Pokémon usan movimientos contra Pokémon salvajes y Entrenadores, obtienen experiencia, suben de nivel, evolucionan y aprenden nuevos movimientos. Las victorias en los gimnasios proporcionan medallas y permiten avanzar.

La aventura incluye contenido de Johto y Kanto, visitas posteriores a zonas antiguas al obtener nuevas habilidades de campo, encuentros opcionales y acontecimientos relacionados con el Team Rocket.

Forma un equipo equilibrado con distintos tipos y entrena a varios Pokémon en lugar de depender de uno solo.

Lleva objetos curativos antes de entrar en cuevas o zonas importantes. Regresa a lugares anteriores cuando una nueva habilidad de campo abra un camino y guarda la partida antes de combates importantes o encuentros raros.