El juego mantiene la exploración cenital y el combate por turnos clásicos de Pokémon. Se recorre ciudades, rutas e instalaciones mientras se lucha contra entrenadores, se consiguen medallas y avanza la historia. Las rutas Orden y Caos modifican los Pokémon iniciales, algunos encuentros, el orden de los gimnasios y ciertos eventos clave. Se conservan sistemas conocidos como tipos, movimientos, estados alterados, composición del equipo y progresión mediante medallas. Una segunda partida permite descubrir diálogos y desafíos distintos.

Elige la ruta cuanto antes para adaptar el equipo a los Pokémon y combates disponibles. Procura una cobertura amplia de tipos y lleva objetos de curación y para estados alterados, ya que los líderes y entrenadores pueden estar modificados. Guardar antes de decisiones importantes es útil si quieres probar ambas ramas. Un Pokémon rápido al frente ayuda a marcar el ritmo en los combates contra entrenadores.