La exploración se realiza desde una perspectiva superior y los encuentros con Pokémon salvajes y Entrenadores usan combates por turnos. El objetivo es conseguir medallas de Gimnasio, desarrollar el equipo y avanzar por la historia de Johto antes de afrontar Kanto y los desafíos finales.

El jugador recorre ciudades, rutas y cuevas, captura Pokémon, administra movimientos y objetos, supera obstáculos y lucha contra rivales. Las medallas, los niveles, las evoluciones y las habilidades de campo permiten acceder progresivamente a nuevas zonas.

Forma un equipo con distintos tipos en lugar de depender de un solo Pokémon poderoso. Mantén a varios miembros en niveles parecidos, ya que los líderes de Gimnasio y los rivales finales pueden aprovechar los equipos poco variados.

Lleva objetos curativos y Poké Balls antes de entrar en rutas o cuevas largas. Guarda la partida antes de combates importantes y usa las ventajas de tipo, los movimientos de estado y los objetos equipados.