La exploración utiliza una vista cenital y los combates muestran a los Pokémon de frente. El objetivo principal es recorrer Hoenn, derrotar a ocho Líderes de Gimnasio, conseguir sus medallas y desafiar al Alto Mando y al Campeón.

El jugador explora rutas, ciudades, cuevas y zonas marítimas, captura Pokémon y forma un equipo de hasta seis miembros. Las medallas, los movimientos de campo y el avance de la historia permiten acceder a nuevas zonas. Los Concursos Pokémon, la Torre Batalla, la pesca y la búsqueda de objetos son actividades opcionales.

Forma un equipo con tipos variados y aprovecha las debilidades del rival en lugar de depender de un solo Pokémon fuerte. En los combates importantes, vigila los estados, la precisión y la potencia de los movimientos.

Lleva objetos curativos y mantén niveles parecidos entre los miembros del equipo. Guarda la partida antes de enfrentarte a Pokémon legendarios, reduce sus PS con cuidado y después intenta capturarlos.