Mantiene la vista cenital clásica de Pokémon con exploración de ciudades, rutas, cuevas y gimnasios, combates aleatorios y batallas por turnos. El jugador avanza consiguiendo medallas, capturando Pokémon salvajes y progresando por la historia. El plantel jugable se limita a 199 Pokémon, lo que empuja a formar un equipo más concreto. EXP.ALL reduce el farmeo, las MT se pueden usar infinitamente y las piedras evolutivas se compran en tiendas, facilitando mucho el entrenamiento y la evolución.

Forma pronto un equipo equilibrado centrado en Pokémon de Johto y aprovecha las funciones de comodidad. Como EXP.ALL está activado, no hace falta subir a cada miembro por separado, pero conviene dar prioridad a los atacantes principales con buena cobertura de tipos. Compra piedras evolutivas en cuanto estén disponibles y evoluciona a los Pokémon clave sin esperar. Para gimnasios y Alto Mando, prepara respuestas contra amenazas de tipo Volador, Psíquico y Dragón.