La acción se presenta desde una perspectiva lateral. El jugador selecciona fases de los Robot Masters, supera plataformas y trampas y llega a un jefe. Al derrotarlo obtiene su arma especial.

Wily Tower se habilita después de completar los tres remakes. El avance depende de la precisión del movimiento, el conocimiento de los patrones enemigos, la elección de armas y la gestión de su energía. Mega Man puede correr, saltar, disparar, usar armas especiales y pausar el juego.

Averigua la debilidad de cada jefe y usa el arma adecuada en lugar de depender siempre del cañón. Guarda la energía de las armas especiales para las zonas donde proporcionen una ventaja clara.

En Wily Tower, prueba las armas disponibles y prepara un conjunto equilibrado. El disparo normal sigue siendo fiable cuando escasea la energía especial.