Joe Musashi avanza por fases de desplazamiento lateral llenas de soldados, criaturas, trampas y jefes. El objetivo principal es llegar al final de cada zona derrotando enemigos y evitando los peligros.

El jugador puede moverse, saltar, atacar y utilizar las armas o técnicas ninja disponibles. La progresión se organiza por fases: completar una zona lleva a la siguiente, donde aparecen enemigos más fuertes y amenazas mayores. La versión de Game Gear está concebida principalmente para un jugador.

Contra grupos de enemigos, prioriza la distancia y el momento adecuado en lugar de avanzar a toda velocidad. Elimina las amenazas antes de saltar sobre peligros y observa sus patrones de ataque para coordinar golpes y saltos.

Reserva las técnicas especiales para los enfrentamientos difíciles o los jefes. La pantalla pequeña puede ocultar a los enemigos que se acercan, así que avanza con cuidado y mantén a Joe en una posición desde la que pueda reaccionar rápido.