El juego utiliza una perspectiva lateral bidimensional. Bart recorre varios niveles ambientados en Springfield, cada uno con un objetivo diferente relacionado con el plan alienígena.

Puede saltar, desplazarse por plataformas, usar objetos del escenario y activar su visión de rayos X para detectar alienígenas disfrazados o objetivos importantes. El progreso depende de observar e interactuar con el entorno.

Las tareas incluyen retirar objetos de color alienígena y revelar invasores ocultos. Al completar un objetivo se avanza al siguiente nivel, pero la salud y las vidas limitadas obligan a jugar con cuidado.

Consulta el objetivo del nivel antes de avanzar deprisa. Los objetivos del escenario suelen ser más importantes que derrotar enemigos.

Usa la visión de rayos X cuando un personaje u objeto parezca sospechoso. Aprende los patrones enemigos y evita contactos innecesarios.

En las pruebas contrarreloj, completa primero los objetivos obligatorios y memoriza las zonas peligrosas.