El juego presenta una perspectiva lateral y fases lineales inspiradas en los escenarios de la película. Bob Esponja y Patricio se desplazan, saltan, atacan enemigos, recogen objetos y esquivan peligros.

Las fases incluyen puntos de control, zonas ocultas, objetos coleccionables y combates contra jefes. La progresión sigue la aventura de la película y desbloquea nuevas zonas al completar los escenarios. Los dos héroes ofrecen métodos distintos para enfrentarse a ciertos obstáculos y enemigos.

Explora los caminos laterales en lugar de correr directamente hacia la salida. Los pasadizos ocultos suelen contener objetos útiles y recompensas adicionales.

Observa los patrones de los enemigos antes de atacar y aprovecha los puntos de control antes de las secciones difíciles o los jefes. Al cambiar de personaje, comprueba primero sus movimientos y alcance de ataque.