El juego utiliza una perspectiva de desplazamiento lateral. El jugador guía a Bob Esponja por niveles inspirados en la historia de la Atlántida, se mueve entre plataformas, evita peligros, derrota enemigos y recoge objetos hasta llegar a la salida.

Los niveles forman una aventura lineal con obstáculos y encuentros distribuidos por el recorrido. La progresión depende principalmente de completar fases y avanzar en la historia, sin un sistema amplio de mejoras. La versión de Game Boy Advance es para un jugador.

Observa la disposición de cada fase antes de saltar, especialmente cuando los enemigos y peligros están muy juntos.

• Prioriza sobrevivir antes que recoger objetos opcionales.
• Avanza con cuidado cerca de los bordes y localiza el siguiente aterrizaje seguro.
• En espacios estrechos, observa el movimiento enemigo antes de atacar.