Stonekeep se juega desde una perspectiva en primera persona a través de mazmorras, ruinas, bosques y otras zonas peligrosas conectadas entre sí. El objetivo principal es encontrar una forma de enfrentarse a Khull-Khuum, mientras se consiguen llaves, equipo y objetos de misión, se resuelven acertijos del entorno y se combate contra monstruos.

El jugador avanza por espacios individuales, examina recipientes y escenarios, lucha con armas y magia, y administra la salud y los recursos. La progresión depende sobre todo de los capítulos y los objetos encontrados: los artefactos importantes y los acontecimientos de la historia permiten acceder a nuevas regiones.

Registra cada sala con cuidado; las llaves, la comida, las curaciones y los objetos importantes suelen estar fuera del camino principal.

Ahorra la magia y los objetos curativos para los enfrentamientos peligrosos. Aprende los patrones de los enemigos, prepara armas apropiadas y vuelve a las zonas anteriores cuando un objeto o una pista nueva pueda abrir una ruta alternativa.

Guarda con frecuencia antes de entrar en zonas desconocidas o activar acontecimientos importantes. Algunos acertijos requieren examinar objetos, no simplemente derrotar a todos los enemigos.