El jugador controla a Yoshi desde una perspectiva lateral y debe llegar al final de cada fase. Bebé Mario viaja sobre su espalda; si Yoshi recibe un golpe, el bebé se separa y hay que recuperarlo antes de que termine la cuenta atrás.

Yoshi puede tragarse enemigos, crear y lanzar huevos, aletear después de saltar, golpear el suelo y transformarse temporalmente. Los seis mundos incluyen fases, jefes, zonas de bonus y desafíos especiales. Las flores, monedas rojas y estrellas ocultas influyen en la puntuación final.

Evita recibir golpes innecesarios para mantener alto el contador de estrellas de Bebé Mario. Un contador elevado concede más tiempo para rescatarlo.

Explora las fases antes de dirigirte a la meta. Las monedas rojas pueden estar ocultas entre las normales, y los huevos, los golpes contra el suelo y las transformaciones suelen abrir caminos secretos.