Las fases se juegan desde una perspectiva lateral. Hay que llegar al final evitando enemigos, trampas y precipicios. Mario y Luigi pueden correr, saltar, pisotear enemigos, recoger monedas y usar potenciadores como la Super Hoja, el Traje Tanuki y el Traje Rana.

El Reino Champiñón está dividido en zonas conectadas mediante un mapa con fases normales, fortalezas, juegos de bonificación y aeronaves. Completar las fases abre el camino hacia los castillos de cada zona y los combates contra los Koopalings. Los objetos del inventario y los eventos del mapa pueden ofrecer rutas alternativas.

Aprende los patrones de movimiento de los enemigos antes de realizar saltos largos y guarda un potenciador para las secciones difíciles.

Examina las paredes sospechosas, las tuberías y los espacios abiertos. Las monedas, los bloques ocultos, las flautas y los objetos del mapa pueden descubrir atajos.