La acción se observa desde un plano lateral y se desarrolla en una serie de fases con desplazamiento. Los objetivos son avanzar por los escenarios, derrotar enemigos, recoger objetos y rescatar a April O'Neil u otros rehenes. Leonardo, Donatello, Raphael y Michelangelo pueden alternarse según la situación.

El progreso depende del movimiento, los saltos, los ataques y las armas especiales. Las fases incluyen plataformas, escaleras, fosos, trampas y combates contra jefes. Hay que administrar la salud y las armas, ya que la derrota de las cuatro tortugas termina la partida.

Elige la tortuga adecuada para el espacio que tienes delante. El alcance de Donatello resulta útil contra enemigos cerca de los bordes, mientras que Leonardo es fiable en el combate cercano. Evita golpes innecesarios para conservar tortugas en las fases posteriores.

Observa los patrones enemigos antes de cruzar fosos y trampas móviles. Recoge armas y salud cuando sea seguro, y no entres en las salas de los jefes con poca energía.