Los jugadores recorren fases de desplazamiento lateral y derrotan a soldados del Foot Clan, mutantes, robots y jefes. El joystick controla el movimiento, mientras que botones independientes sirven para atacar y saltar.

Cada tortuga tiene un alcance y una velocidad de arma diferentes. Al combinar salto y ataque se realizan golpes aéreos. Tras perder toda la energía, es posible continuar introduciendo otro crédito.

Mantente en movimiento para evitar que los enemigos te rodeen y elimina primero a quienes usan proyectiles o explosivos. El alcance de Donatello ayuda a controlar el espacio.

Usa ataques en salto contra los grupos y golpea a los jefes durante sus pausas. En cooperativo, cubrid ambos lados de la pantalla sin separaros demasiado.