La acción se desarrolla con desplazamiento lateral. Hay que recorrer las fases, derrotar a soldados del Foot Clan y a otros enemigos, evitar peligros y llegar al final de cada zona.

Se puede elegir una de las cuatro tortugas, y sus armas cambian el alcance y los patrones de ataque. La progresión consiste en completar fases de la historia, encontrar objetos coleccionables y superar encuentros cada vez más difíciles, incluidos combates contra jefes.

Leonardo es equilibrado, Donatello aprovecha su alcance, Raphael destaca a corta distancia y Michelangelo ataca con rapidez.

Elimina a los enemigos cercanos antes de avanzar, vigila las trampas y explora los caminos secundarios para encontrar objetos. Contra los jefes, estudia primero sus patrones y ataca cuando aparezcan oportunidades.