El juego se desarrolla con vista lateral y estructura por fases. Se puede elegir a Leonardo, Michelangelo, Donatello o Raphael, y cada uno tiene distinta velocidad, alcance y técnicas especiales, lo que cambia la forma de enfrentar a los grupos enemigos. El avance se basa en superar oleadas, algunos obstáculos y jefes al final de cada nivel. Los controles giran en torno al movimiento, salto, ataques normales y movimientos especiales o combinaciones. Controlar el espacio es esencial para no quedar rodeado.

Elige la tortuga que mejor encaje con tu estilo, especialmente por velocidad o alcance. Contra grupos, muévete lateralmente para evitar el cerco. Los ataques en salto son útiles para entrar y salir con seguridad. Reserva los especiales de área para momentos de peligro o cuando haya muchos enemigos juntos. Ante los jefes, espera una apertura clara antes de atacar.