Controla a Shinobi a través de niveles con desplazamiento lateral, pelea con un katana y shurikens, desbloquea las técnicas de doble salto, magia oscura y sigilo, y derrota a los jefes que comandan las fuerzas enemigas. El progreso continúa con contraseñas en lugar de un guardado de pila convencional.

Estudia el ritmo de cada enemigo antes de atacar, usa el katana a corta distancia solo cuando el aterrizaje sea seguro, y guarda los shurikens para objetivos lejanos o acorazados. Anota cada contraseña y practica las habilidades de movimiento antes de enfrentar a un jefe.