La acción se desarrolla con perspectiva lateral a través de fases urbanas, industriales, naturales y surrealistas. Joe debe llegar al final de cada fase, derrotar a su jefe y rescatar a la persona secuestrada, administrando su salud, sus shuriken y el ninjutsu.

Puede caminar, agacharse, saltar, atacar cuerpo a cuerpo, lanzar shuriken y activar varias artes ninja. Las fases avanzadas incorporan más enemigos, peligros del escenario, plataformas móviles y jefes cuyos patrones deben estudiarse. Es una campaña para un jugador con varios niveles de dificultad.

Usa shuriken para eliminar a los enemigos peligrosos antes de que se acerquen, pero conserva munición en las zonas con muchos rivales y contra los jefes. Los ataques agachados sirven contra objetivos bajos, mientras que los ataques en salto ayudan frente a enemigos altos.

Memoriza las apariciones y los patrones de los jefes en lugar de avanzar sin cuidado. Reserva el ninjutsu para momentos en los que pueda evitar daño o eliminar un grupo complicado.