Universe se juega desde una perspectiva en tercera persona con una interfaz point-and-click. El jugador guía a Boris por pantallas fijas o ligeramente animadas, examina objetos, habla con los habitantes y guarda artículos para utilizarlos más adelante.

El progreso depende de los rompecabezas. Hay que explorar lugares conectados, interpretar pistas, usar los objetos del inventario en los sitios adecuados y escoger determinadas opciones de diálogo o interacción. La estructura es principalmente lineal: resolver un obstáculo abre nuevas zonas y hace avanzar la historia.

• Examina todos los objetos visibles y vuelve a visitar los lugares después de los acontecimientos importantes.
• Anota los objetos y las pistas; algo que parezca inútil puede ser necesario en otra zona.
• Prueba otras opciones de conversación si un personaje bloquea el avance y guarda la partida antes de acciones dudosas.
• Si un rompecabezas parece imposible, revisa las habitaciones anteriores y los objetos recogidos.