El jugador recorre un mapa desde una perspectiva cenital, visita asentamientos, habla con personajes y sigue una secuencia lineal de misiones. Durante los desplazamientos aparecen combates aleatorios y enfrentamientos obligatorios.

El combate es por turnos. Para cada Zoid se eligen ataques, movimiento, equipamiento y apoyo. Hay que tener en cuenta el alcance, el terreno, la energía y las debilidades enemigas.

Los Zoids pueden reunirse, personalizarse y repartirse entre el grupo activo y la reserva. La experiencia, las piezas y el nuevo equipamiento permiten avanzar.

Forma un equipo con distintos alcances y tipos de arma. Sustituye los Zoids dañados por unidades de reserva.

Mejora las piezas con regularidad, vigila la energía y la munición y aprovecha el terreno y la distancia. Guarda la partida antes de las misiones importantes y revisa los caminos secundarios.