Alien Breed usa uma perspectiva vista de cima. O objetivo é explorar as seções da instalação, eliminar alienígenas, encontrar cartões de acesso e outros recursos e chegar à saída antes que o tempo ou os suprimentos acabem. As salas são ligadas por corredores, portas, elevadores e pontos de teletransporte, tornando a orientação parte importante do desafio.

O jogador se move, atira, coleta munição e créditos e ativa terminais ou interruptores. A progressão ocorre ao concluir fases consecutivas e administrar recursos, sem níveis para o personagem. Os inimigos podem surgir de várias direções, portanto é importante verificar as salas com cuidado.

Examine cada sala completamente antes de avançar. Cartões de acesso, munição e créditos podem ser facilmente esquecidos, e uma porta trancada muitas vezes indica que o item necessário ficou em uma área anterior.

Use corredores estreitos e portas para limitar as direções de ataque. Evite ficar parado em salas abertas, economize munição e não gaste tempo demais em exploração desnecessária.