Biomechanical Toy usa uma perspectiva lateral. O objetivo é atravessar uma sequência de fases, derrotar inimigos, evitar perigos e alcançar o fim de cada área. Os níveis apresentam plataformas, buracos, trechos verticais, obstáculos mecânicos e confrontos com inimigos.

A personagem pode se mover, pular, atacar e coletar itens úteis. A estrutura de arcade incentiva o aprendizado dos padrões dos inimigos e do layout das fases por meio de tentativas repetidas. Como a configuração pode variar de acordo com o gabinete, a atribuição exata do joystick e dos botões não é especificada.

Observe o movimento dos inimigos antes de avançar, especialmente nas seções com plataformas estreitas. Em áreas desconhecidas, ataque a partir de uma posição segura em vez de avançar com pressa.

Memorizar o layout das fases ajuda a economizar vidas. As seções avançadas exigem saltos precisos e reações rápidas, portanto repetir as partidas é útil para aprender o terreno e os pontos de surgimento dos inimigos.