Chex Quest é jogado em primeira pessoa ao longo de cinco fases em Bazoik. É preciso explorar áreas labirínticas, coletar chaves coloridas, abrir portas, ativar interruptores, encontrar armas e munição e alcançar a saída enquanto resgata os colonos.

O sargento Schiesser começa com uma arma Zorch básica e encontra equipamentos mais fortes durante a progressão. Áreas secretas recompensam a exploração cuidadosa. A versão DOS oferece uma campanha para um jogador com vários níveis de dificuldade e não possui um modo multijogador tradicional.

Examine cada sala e corredor lateral para encontrar chaves, munição e segredos. Memorize as portas trancadas e volte a elas depois de obter a chave correspondente.

Use as armas Zorch mais fortes contra Flemoids resistentes, mantenha-se em movimento para evitar projéteis e economize munição contra inimigos fracos.